剑桥大学成立于公元1209年，最早是由一批为躲避殴斗而从牛津大学（University of Oxford）逃离出来的教师建立的。
12世纪，方济会修士、本笃会修士和圣衣会修士，来到这片平坦、潮湿的沼泽区定居，剑桥郡由此诞生。
1225年左右，剑桥的教师们就从他们当中选出了一位校长，他的权力得到了亨利三世国王的批准，大学的自主管理就由此而来。
1231年，亨利三世国王在授予剑桥教学垄断权。
1280年，在这种私人旅舍被有着自己的校舍和捐款的学院取代之前，全城已经有34家这种大学生公寓了，捐款能保证学院的持久性和独立性。
1284年，艾利修道院的休·德·巴尔夏姆主教创办了剑桥的所学院——彼得豪斯学院。
1370年前后剑桥共有八所学院，大约20多家旅舍。整个大学有将近700人。
1640年他以一票的优势代表剑桥被选进了议会。
1643年克伦威尔返回来，将学院变成了军营，将剑桥变成了东英吉利议会运动的司令部。
1870年，当时的大学校长，威廉·卡文迪什，德文郡的第七代公爵，资助了一个实验物理学教授席位和一所实验室，两者都是以他的一位祖先、物理学家亨利·卡文迪什的姓氏命名的。
1933年后，很多大学生和教师觉得马克思主义是值得钦佩的选择。国王学院的院士、历史学家埃里克·霍布斯鲍姆甚至直到1990年都还是共产党员。
2009年，剑桥大学举行了隆重的校庆，纪念建校800周年。
2013年，开始在剑桥市的西北部建设新的区域。
2016年，剑桥大学图书馆纪念建馆600周年。