寄生虫卵一般都集中在粪皮和粪渣中，因此，过粪管位置要放在寄生虫卵较少的中层粪液。过粪管位置较好的设置应分别斜插安装在两堵隔墙上：其中池到第二池过粪管下端位置在池的下1/3处，上端在第二池距池顶100mm左右：第二池到第三池过粪管下端位置在第二池的下端1/3或中部1/2处、上端在第三池距池顶100左右，过粪管与隔墙的水平夹角应呈60度。
二池的有效容积 应根据使用人数、粪便贮存发酵达到无害化所需的时间决定，一般要求、第二池的有效容积应保证粪便在其中能存留30天时间，在第三池存留30天。每人每天的粪尿排泄量约为1.5L，节水型便器的冲洗水量可按每天2.OL计算，所以、二池容积的计算量不能少于3.5L。第三池容积的大小视用周期而定，一般不小于和第二池之和。如果是水冲式的户厕则贮粪池容积可适当放大。
第二池 起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。 第三池 主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
粪便无害化处理 是利用物理、化学或生物学的原理和方法以杀灭或去除粪便中的病原微生物、寄生虫卵和控制苍蝇孳生、消除恶臭、防止环境污染，同时还能保持粪便的肥效，处理后的粪便可以地应用于农业。