步企业根据《认定办法》和《工作指引》进行自我评价，初步判断是否达到认定条件的要求。
第二步企业登录"高新技术企业认定管理工作网"按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统提交至认定机构。认定机构核对企业注册信息，在网络系统上确认后，企业可以开展后续申报工作。
第三步企业登录"高新技术企业认定管理工作网"，按要求填写《高新技术企业认定申请书》 ，通过网络系统提交至认定机构，并向认定机构提交书面材料。
第四步认定机构收到企业申报材料后，从专家库中抽取至少5名评审专家(其中技术专家不少于60%，并至少有1名财务专家) 组成专家组。进行审查
第五步认定机构根据专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合评审（可视情况对部分企业进行实地核查） ，提出认定企业名单，报领导小组备案，报送时间不得晚于每年11月底。
第六步经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示10个工作日。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理；领导小组办公室可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。
第七步经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示10个工作日。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理；领导小组办公室可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。
认定结构
各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构简称认定机构。办公室设在省级、计划单列市科技行政主管部门。
书面材料
审查内容主要包括以下三个方面：
1合规性审查
审查企业的研究开发活动（项目）、年度财务会计报告和专项审计报告等是否符合《管理办法》和《工作指引》的要求；
2独立评价
每名技术专家单独填写《高新技术企业认定技术专家评价表》，主要对企业知识产权、研究开发活动、主营业务、成果转化及高新技术产品（服务）等情况进行评价打分；每名财务专家单独填写《高新技术企业认定财务专家评价表》，参照中介机构提交的专项报告、企业的财务会计报告和纳税申报表等进行评价打分；
3综合评价
在各评审专家独立评价的基础上，专家组长汇总各位专家分数，按分数平均值填写《高新技术企业认定专家组综合评价表》。注：具备条件的地区可进行网络评审。