根据《认定办法》和《工作指引》相关规定，优化申报流程，精简申报材料，完善工作机制，具体程序如下：
1.自我评价。企业对照《认定办法》第十一条和《工作指引》第三部分进行自我评价。自评符合条件的，可按照本通知要求准备申报材料。
2.注册填报。申报企业登录“科学技术部政务服务平台”实名认证通过后开展后续申报工作。已注册企业无需重新注册，可用原用户名和密码登录系统进行申报。
3.网上提交。企业在“科学技术部政务服务平台”，按系统要求填写认定申报信息、逐一上传附件材料（作为评审依据，附件材料须清晰、完整、规范），并及时通过网络系统提交，完成网上填报。
4.纸质材料提交。企业通过“科学技术部政务服务平台”生成并打印《高新技术企业认定申请书》，并提供相关附件材料。附件材料须与申请书所填内容一致，并本着“与认定条件紧密相关”的原则，尽量简明扼要，申报材料内容及要求见附件3。按照属地原则，国家高新区外企业将纸质材料（一式一份）提交至所在市科技局审核留存，国家高新区（含黄三角农高区）内企业将纸质材料（一式一份）提交至所在高新区科技部门审核留存。对涉密企业，应按照国家有关保密工作规定，将申报材料做脱密处理，确保涉密信息安全。
5.材料审核。各地科技部门收到企业申报材料后，要按要求对申报材料中知识产权、近三年项目研发活动和成果转化情况、2021年度的科技活动人员和高新技术产品（服务）情况、研发组织管理水平等内容的真实性、合规性进行认真审核把关，客观记录核查中发现的问题，填写好《高新技术企业认定申报核实意见表》。各地科技部门切实做好审查工作，强化责任意识，把好审核关，杜绝审核流于形式、走过场，对现场核查中发现与申报材料不一致、有弄虚作假行为或不符合申报要求等情况的企业一律不得推荐上报。
6.汇总推荐。各市科技局（国家高新区）完成材料审核后，在系统提交推荐企业认定申报材料，并正式行文出具推荐函、推荐汇总表、中介机构审核汇总表（各一式四份）、中介机构PDF版证明材料以及企业认定申报资料电子版（一式两份）报送省科技厅，推荐函、推荐汇总表同时抄送同级财政和税务部门，企业认定申报资料电子版报市税务局一份。