1. 车间环境要求不同
无菌车间必须要让空气中的微生物数量和粉尘达到极低的水平，通常要求在百万级无菌级别。而无尘车间对环境的要求相对较低，通常要达到千级或万级无尘级别。
2. 防护措施不同
无菌车间的防护措施要比无尘车间更加严格，通常需要人员进入车间前进行严格的和更换特殊的防护服和鞋套等。而无尘车间则通常只需要在人员进入前进行洗手和更换防尘服等，相对要简单一些。
3. 产品差异
无菌车间主要用于生产高端的医疗器械、医疗用品和生物制品等产品，可以满足高端市场的需求。而无尘车间则用于生产制药、电子、化妆品、食品等产品，相对无菌车间的产品要求略低一些。