科学出版社由中国科学院编译局与30年代创建的有较大影响的龙门联合书局于1954年8月合并成立。1993年8月恢复使用“龙门书局”副牌。2007年4月转制成为科学出版社有限责任公司。
科学出版社是中国科学出版集团的核心企业和全国的综合性科技出版机构。在国内拥有完善的出版、发行网络，下设上海分公司、武汉分公司和成都公司，以及纽约公司、东京公司两家海外子公司。同时与十几个国家和地区的100多家出版公司建立了长期的良好合作关系。
科学出版社秉承多年来形成的“高层次、高水平、高质量”和“严肃、严密、严格”的优良传统与作风，坚持以科学发展观推动变革与创新，在“立足科技，面向教育、多种媒体、综合经营”出版方针指导下，依托中国科学院和“科学家的出版社”的品牌优势，充分挖掘国内外优良出版资源，重视重大出版工程建设，形成了以科学（S）、技术（T）、医学（M）、教育（E）为主要出版领域战略架构。
科学出版社现在每年出书8000余种（含重印书），期刊200多种。形成了重大图书出版项目、工程集群： “十一五” 国家重点图书出版规划项目53个，“十一五”普通高校规划教材789项，每年大约有120个图书项目获国家科学技术学术著作出版基金、中国科学院出版基金、华夏基金资助。科学出版社拥有一个高水平、高质量、多品种的期刊方阵，30多种期刊收录入SCI、EI等国际检索系统，是中国科技期刊出版领域的“国家队”。
由北京地区出版产业竞争力研究课题组近几年连续刊发的《北京地区出版社竞争力排行榜》年度报告中，科学出版社的竞争力位居全国科技类出版社榜首，在全国出版社中名列第三、四位。
自1982年以来，科学出版社在历届科技图书评奖和科技期刊评奖中均名列前茅。1993年荣获国家首批“全国出版社”称号。2007年荣获“首届中国出版政府奖先进出版单位奖”。2009年荣膺“全国百佳图书出版单位”称号。
作为中国科学出版集团的核心企业，科学出版社正积极推进集团五年发展规划纲要的实施，明确主攻方向，狠抓战略重点，优化出版结构，推进产业创新，做强主业，做大主体，为完成集团“放量做强做大中国科技出版产业”的总体战略目标，为开创中国科技出版产业新局面，为促进中国科技国际交流与合作做出更大贡献。